Наступает утро. В то время как Призрак сочиняет музыку, сидя за органом («I Remember…»), Кристина просыпается под звуки музыкальной шкатулки в виде обезьянки. Она подбирается к Призраку, снимает с него маску и видит его обезображенное лицо.
Призрак приходит в бешенство от её любопытства, затем, успокоившись, с тоской говорит о том, что всегда хотел, чтобы у него было нормальное человеческое лицо, а также хотел быть любимым Кристиной («Stranger Than You Dreamt It»). Та даёт понять Призраку, что не может ответить ему взаимностью, поскольку сердце её занято. Он забирает из рук Кристины маску и отводит её обратно в гримёрку.
В это время в Опере главный рабочий сцены, Жозеф Буке, который, как и Мадам Жири, необъяснимо много знает о Призраке, пугает юных балерин рассказами о «Привидении Оперы» и о его ужасной Пенджабской удавке («Magical Lasso»). Мадам Жири предупреждает его о последствиях и просит проявлять сдержанность. Фирмен и Андрэ получают письма от Призрака Оперы, где он даёт им наставления о постановке новой оперы, что очень их раздражает.
Врывается Рауль, требуя сказать ему, где Кристина, и показывает владельцам Оперы письмо от Призрака, в котором Рауля предупреждают, чтобы он держался подальше от Кристины. Также появляется Карлотта с письмом (написанным, по её мнению, Раулем), в котором сообщается, что Кристина будет играть её роль.
Мадам Жири показывает ещё одно письмо от Призрака: он требует, чтобы Кристина заменила Карлотту в новой опере «Il Muto» («Notes…»). Фирмен и Андрэ уверяют Карлотту в том, что её роль останется за ней («Prima Donna»), но во время выступления случается невероятное («Poor Fool, He Makes Me Laugh»).
При непосредственном участии Призрака голос Карлотты становится похожим на лягушачье кваканье, она теряет голос. Владельцы Оперы выпускают на сцену балет, чтобы развлечь аудиторию, пока Кристину готовят к выступлению вместо Карлотты. Во время танца поднимается задний фон, за которым, ко всеобщему ужасу, оказывается труп повешенного Жозефа Буке, свисающего со стропил на Пенджабской удавке.
Во время всеобщей паники Кристина убегает с Раулем на крышу, где рассказывает ему о Призраке и своём путешествии в его логово. Рауль относится к этому скептично («Why Have You Brought Me Here?/Raoul, I’ve Been There»), но признаётся ей в любви и клянётся всегда защищать её. Они сливаются в поцелуе («All I Ask of You»).
Ревнивый Призрак, подслушавший их беседу, раздавлен горем. Он в ярости клянётся отомстить влюблённым («All I Ask of You (Reprise)») и по его воле огромная Оперная люстра обрушивается на сцену. Занавес падает.